La Federcommercio si avvale di quattro organi organizzativi:
- l’Assemblea generale, composta da tutti i soci
- il Comitato Esecutivo
- il Consiglio Direttivo
- l’Ufficio di Revisione
Il Segretariato è gestito dalla Camera di commercio, dell'industria, dell'artigianato e dei servizi del Cantone Ticino, nello specifico da Rinaldo Gobbi e Lisa Pantini.